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[hal-02653040] Permanent genetic resources added to molecular ecology resources database 1 august 2011-30 september 2011
This article documents the addition of 299 microsatellite marker loci and nine pairs of single-nucleotide polymorphism (SNP) EPIC primers to the Molecular Ecology Resources (MER) Database. Loci were developed for the following species: Alosa pseudoharengus, Alosa aestivalis, Aphis spiraecola, Argopecten purpuratus, Coreoleuciscus splendidus, Garra gotyla, Hippodamia convergens, Linnaea borealis,Menippe mercenaria,Menippe adina, Parus major, Pinus densiflora, Portunus trituberculatus, Procontarinia mangiferae, Rhynchophorus ferrugineus, Schizothorax richardsonii, Scophthalmus rhombus, Tetraponera aethiops, Thaumetopoea pityocampa, Tuta absoluta and Ugni molinae. These loci were cross-tested on the following species: Barilius bendelisis, Chiromantes haematocheir, Eriocheir sinensis, Eucalyptus camaldulensis, Eucalyptus cladocalix, Eucalyptus globulus, Garra litaninsis vishwanath, Garra para lissorhynchus, Guindilla trinervis, Hemigrapsus sanguineus, Luma chequen. Guayaba, Myrceugenia colchagu¨ensis, Myrceugenia correifolia, Myrceugenia exsucca, Parasesarma plicatum, Parus major, Portunus pelagicus, Psidium guayaba, Schizothorax richardsonii, Scophthalmus maximus, Tetraponera latifrons, Thaumetopoea bonjeani, Thaumetopoea ispartensis, Thaumetopoea libanotica, Thaumetopoea pinivora, Thaumetopoea pityocampa ena clade, Thaumetopoea solitaria, Thaumetopoea wilkinsoni and Tor putitora. This article also documents the addition of nine EPIC primer pairs for Euphaea decorata, Euphaea formosa, Euphaea ornata and Euphaea yayeyamana.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (S.W. A'Hara) 29 May 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02653040v1
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[hal-05168055] Human contributions to global soundscapes are less predictable than the acoustic rhythms of wildlife
Across the world, human (anthropophonic) sounds add to sounds of biological (biophonic) and geophysical (geophonic) origin, with human contributions including both speech and technophony (sounds of technological devices). To characterize society’s contribution to the global soundscapes, we used passive acoustic recorders at 139 sites across 6 continents, sampling both urban green spaces and nearby pristine sites continuously for 3 years in a paired design. Recordings were characterized by bird species richness and by 14 complementary acoustic indices. By relating each index to seasonal, diurnal, climatic and anthropogenic factors, we show here that latitude, time of day and day of year each predict a substantial proportion of variation in key metrics of biophony—whereas anthropophony (speech and traffic) show less predictable patterns. Compared to pristine sites, the soundscape of urban green spaces is more dominated by technophony and less diverse in terms of acoustic energy across frequencies and time steps, with less instances of quiet. We conclude that the global soundscape is formed from a highly predictable rhythm in biophony, with added noise from geophony and anthropophony. At urban sites, animals experience an increasingly noisy background of sound, which poses challenges to efficient communication.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Panu Somervuo) 09 Oct 2025
https://univ-rennes.hal.science/hal-05168055v1
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[hal-03045949] Grassland-to-crop conversion in agricultural landscapes has lasting impact on the trait diversity of bees
Context Global pollinator decline has motivated much research to understand the underlying mechanisms. Among the multiple pressures threatening pollinators, habitat loss has been suggested as a key-contributing factor. While habitat destruction is often associated with immediate negative impacts, pollinators can also exhibit delayed responses over time. Objectives We used a trait-based approach to investigate how past and current land use at both local and landscape levels impact plant and wild bee communities in grasslands through a functional lens. Methods We measured flower and bee morphological traits that mediate plant–bee trophic linkage in 66 grasslands. Using an extensive database of 20 years of land-use records, we tested the legacy effects of the landscape-level conversion of grassland to crop on flower and bee trait diversity. Results Land-use history was a strong driver of flower and bee trait diversity in grasslands. Particularly, bee trait diversity was lower in landscapes where much of the land was converted from grassland to crop long ago. Bee trait diversity was also strongly driven by plant trait diversity computed with flower traits. However, this relationship was not observed in landscapes with a long history of grassland-to-crop conversion. The effects of land-use history on bee communities were as strong as those of current land use, such as grassland or mass-flowering crop cover in the landscape. Conclusions Habitat loss that occurred long ago in agricultural landscapes alters the relationship between plants and bees over time. The retention of permanent grassland sanctuaries within intensive agricultural landscapes can offset bee decline.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Gaëtane Le Provost) 17 Oct 2023
https://hal.science/hal-03045949v1
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[hal-04672656] Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence
In an era marked by rapid global changes, the reinforcement and modernization of plant health surveillance systems have become imperative. Sixty-five scientists present here a research agenda for an enhanced and modernized plant health surveillance to anticipate and mitigate disease and pest emergence. Our approach integrates a wide range of scientific fields (from life, social, physical and engineering sciences) and identifies the key knowledge gaps, focusing on anticipation, risk assessment, early detection, and multi-actor collaboration. The research directions we propose are organized around four complementary thematic axes. The first axis is the anticipation of pest emergence, encompassing innovative forecasting, adaptive potential, and the effects of climatic and cropping system changes. The second axis addresses the use of versatile broad-spectrum surveillance tools, including molecular or imaging diagnostics supported by artificial intelligence, and monitoring generic matrices such as air and water. The third axis focuses on surveillance of known pests from new perspectives, i.e., using novel approaches to detect known species but also anticipating and detecting, within a species, the populations or genotypes that pose a higher risk. The fourth axis advocates the management of plant health as a commons through the establishment of multi-actor and cooperative surveillance systems for long-term data-driven alert systems and information dissemination. We stress the importance of integrating data and information from multiple sources through open science databases and metadata, alongside developing methods for interpolating and extrapolating incomplete data. Finally, we advocate an Integrated Health Surveillance approach in the One Health context, favoring tailored and versatile solutions to plant health problems and recognizing the interconnected risks to the health of plants, humans, animals and the environment, including food insecurity, pesticide residues, environmental pollution and alterations of ecosystem services.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (S. Soubeyrand) 26 Aug 2024
https://hal.inrae.fr/hal-04672656v1
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[hal-03593276] Larvae of longhorned beetles (Coleoptera; Cerambycidae) have evolved a diverse and phylogenetically conserved array of plant cell wall degrading enzymes
Longhorned beetles (Cerambycidae) are the most diverse group of predominantly wood-feeding (xylophagous) insects on Earth. Larvae of most species feed within tissues of plants made up of large amounts of plant cell wall (PCW), which is notoriously difficult to digest. To efficiently access nutrients from their food source, cerambycid larvae have to deconstruct PCW polysaccharides – such as cellulose, hemicelluloses and pectin – requiring them to possess a diversity of plant cell wall degrading enzymes (PCWDEs) in their digestive tract. Genomic data for Cerambycidae are mostly limited to notorious forest pests and are lacking for most of the taxonomic groups. Consequently, our understanding of the distribution and evolution of cerambycid PCWDEs is quite limited. We addressed the numbers, kinds and evolution of cerambycid PCWDEs by surveying larval midgut transcriptomes from 23 species representing six of the eight recognized subfamilies of Cerambycidae and each with very diverse host types (i.e., gymnosperms, angiosperms, xylem, phloem, fresh or dead plant tissues). Using these data, we identified 340 new putative PCWDEs belonging to ten carbohydrate active enzyme families, including two gene families (GH7 and GH53) not previously reported from insects. The remarkably wide range of PCWDEs expressed by Cerambycidae should allow them to break down most PCW polysaccharides. Moreover, the observed distribution of PCWDEs encoded in cerambycid genomes agreed more with phylogenetic relationship of the species studied than with the taxonomic origin or quality of the host plant tissues.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Na Ra Shin) 07 Mar 2022
https://amu.hal.science/hal-03593276v1
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[hal-05546422] DATASAPROX: standardised dataset from protocolled sampling of saproxylic beetles in continental France and Corsica
As part of the DATASAPROX project, we created an occurrence dataset of the saproxylic beetles from continental France and Corsica focused on protocolled data from flight interception traps. For this, we solicited the main national data producers and collected their raw data as well as the associated trapping metadata (e.g. type of trap). Once retrieved, all data went through selection and reformatting steps, including the removal of duplicates between datasets and the standardisation of taxonomic information according to the TAXREF v.18 format. We considered data from specific aerial interception traps: crossed window (©Polytrap, ©Pimul, ©Crosstrap, ©Portrap), multi-funnel (Lindgren) and window (single glass) traps. We aggregated a dataset constituting 675,525 records from 21 data producers and providers, including 485 identified projects. This dataset includes a total of 71 families, 153 subfamilies, 738 genera and 2039 species of saproxylic beetles. Data points encompass all 96 counties from continental France and Corsica for a total of 8969 geographic points and 66,202 samples. This new standardised dataset on saproxylic beetles offers new opportunities for ecological studies and conservation applications.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Christopher Bosc) 10 Mar 2026
https://hal.science/hal-05546422v1
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[hal-05485107] From forest decline to salvage logging: cascading impacts on saproxylic beetle diversity
Understanding the cascading effects of forest decline on saproxylic communities is fundamental for optimizing the management of disturbed forests toward biodiversity conservation objectives. We postulated that the nature and intensity of cascading pathways would vary along decline gradients, encompassing stages from stand decline to mortality and subsequent salvage logging, as mediated by shifts in habitat conditions and resource availability. This study was conducted across three representative European forest contexts: fir forests in the French Pyrenees, spruce forests in the Bavarian Alps, and oak forests in the lowlands of the Loire Valley. Within these systems, we assessed how the taxonomic and functional α-diversity of saproxylic beetles responded to variations in both the diversity and density of deadwood and tree-related microhabitats (TreMs). Our analyses identified key cascading effects of stand decline and mortality that were shaped by the considered beetle guild and by the forest type, reflecting tree species–specific disturbance legacies. Stand decline and mortality produced distinct responses within saproxylic beetle assemblages, as different successional guilds preferentially utilized either dying or dead trees. The overall influence of decline processes was positive in conifer-dominated forests. TreMs played a central role in mediating cascading processes structuring saproxylic beetle communities throughout the forest decline continuum. The increase in TreM heterogeneity associated with stand decline or mortality enhanced saproxylic diversity, with exposed wood and trunk injuries identified as particularly influential microhabitats. Snags and large deadwood elements, especially in spruce forests, and deadwood diversity further contributed to sustaining high levels of beetle diversity. Conversely, salvage logging exerted detrimental effects on numerous guilds, primarily through reductions in TreM diversity, decreased TreM trait dispersion, and the depletion of saproxylic TreMs. Given the pronounced context dependency of the processes driving these cascading community dynamics, and considering the increasing frequency, severity, and spatial extent of forest disturbances and global forest decline, it is imperative to integrate this complexity into management and conservation frameworks. Addressing these mechanisms with greater precision will be critical for maintaining functional biodiversity within rapidly changing forest ecosystems.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jérémy Cours) 30 Jan 2026
https://hal.inrae.fr/hal-05485107v1
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[hal-03686721] Patterns of expansion of pine processionary moth at the northern edge of its distributional range
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mauro Simonato) 02 Jun 2022
https://hal.inrae.fr/hal-03686721v1
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[hal-03609676] A first inference of the phylogeography of the worldwide invader Xylosandrus compactus
Native to Southeastern Asia, the ambrosia beetle Xylosandrus compactus is invasive worldwide. Its invasion is favoured by its cryptic lifestyle, symbiosis with a fungus that facilitates a broad range of host plants, and predominant sib-mating reproduction. X. compactus invaded Africa more than a century ago and the Americas and Pacific Islands in the middle of the twentieth century. It was not detected in Europe before 2011, when it was first reported in Italy before quickly spreading to France, Greece and Spain. Despite the negative environmental, agricultural and economic consequences of the invasion of X. compactus, its invasion history and main pathways remain poorly documented. We used COI and RAD sequencing to (i) characterise the worldwide genetic structure of the species, (ii) disentangle the origin(s) of the non-native populations on the three invaded continents and (iii) analyse the genetic diversity and pathways within each invaded region. Three mitochondrial lineages were identified in the native range. Populations invading Europe and the American-Pacific region originated from the first lineage and were only slightly genetically differentiated at nuclear SNP markers, suggesting independent introductions from close sources in or near Shanghai, ca. 60 years apart. Populations invading Africa originated from the second lineage, likely from India or Vietnam.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Teddy Urvois) 06 Sep 2023
https://hal.inrae.fr/hal-03609676v1
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[hal-03686725] Genetic Patterns In The Range Expansion Of Pine Processionary Moth In Northern France
Several studies have showed how climate change is affecting both distributional range and phenology of numerous insect species. Range expansion of different insect pests can be enhanced by human mediated dispersal with the settlement of new suitable areas far from the native range In particular, inter- and intra- continental ornamental plant trade seems to play a key role in the dispersal. The pine processionary moth, Thaumetopoea pityocampa, is one of the main pest attacking pine forests in southern Europe This species showed in the last decades a range expansion due to the recent climate changes. The spread of the moth seems to be also enhanced by both accidental human transportation linked to ornamental tree trade, and host tree distribution outside forests. In this study we analyzed the genetic variability of pine processionary moth populations in the front expansion edge as well as in other areas of the native range, using 24 microsatellite loci. The main expansion patterns were outlined in relation to the host plant distribution and other environmental factors.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mauro Simonato) 02 Jun 2022
https://hal.inrae.fr/hal-03686725v1
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[hal-03217254] Tracking the colonization patterns of an expanding forest pest and its natural enemies using molecular markers
Climate change is influencing population dynamics of several pest insect species leading to the expansion of their range. Range expansion can be driven also by human-mediated dispersal, with the establishment of new insect populations in suitable areas far from their native range. In this process, interactions between insects and their natural enemies can change due to new environmental conditions or to different rate of dispersion. In recent years, pine processionary moth (PPM), one of the main forest pests in the Mediterranean region, is expanding its range favored by both higher winter mean temperatures and accidental human-mediated transportation. Here we outlined the genetic structure of PPM along its range in France using 23 microsatellites loci, characterizing the main patterns of expansion of this species and identifying the source populations of new colonies in the expansion areas. These data can be employed for developing assignment tools to genetically characterize PPM for a quick identification of their origin area. Finally, we developed a new set of microsatellite primers for the PPM specialist egg-parasitoid in order to track its dispersion following its host in the expanding areas. The low genetic variability found, not directly useful for tracking parasitoid expansion, shed light on the role of bacterial endosymbionts in the population genetic structure of this species.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mauro Simonato) 05 May 2021
https://hal.science/hal-03217254v1
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[hal-02620716] A population genetic study of the egg parasitoid Baryscapus servadeii reveals large scale automictic parthenogenesis and almost fixed homozygosity
The pine processionary moth Thaumetopoea pityocampa - T. wilkinsoni is one of the main defoliators of pine and cedar forests in the Mediterranean area. Its distribution is currently expanding northward and to higher altitudes due to climate warming. This species is associated with a rich community of predators and parasitoids. The specialist egg parasitoid Baryscapus servadeii is among the most abundant, and is thought to significantly affect the population dynamics of its host. To determine if the parasitoid tracks the range expansion of its host and shows similar population genetic patterns, we developed eight de novo microsatellite markers using SSR enrichment and 454 pyrosequencing. Despite a large-scale sampling design, ranging from Northern Africa to Western Europe, Crete and Cyprus, genotyping revealed an unexpectedly high level of homozygosity and reduced genetic diversity, with 90% of studied individuals being characterized by only 2 multi-locus genotypes. We then tested if B. servadeii is associated with parthenogenesis-inducing endobacteria, and found that most individuals were associated with a Rickettsia symbiont, not Wolbachia. Interestingly, genetic diversity and an absence of symbionts were documented in some individuals of the congeneric hyperparasitoid B. transversalis, which were found in the same samples. Altogether, the results suggest that microsatellite nuclear markers will not be useful for deciphering the demography and range expansion routes of this parasitoid. However, B. servadeii can be considered an interesting and novel example of Rickettsia inducing thelytoky in chalcid parasitoids.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mauro Simonato) 20 Jul 2022
https://hal.inrae.fr/hal-02620716v1
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[hal-03593160] Genetic structure of European invasive populations of two Xylosandrus species
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Teddy Urvois) 01 Mar 2022
https://hal.inrae.fr/hal-03593160v1
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[hal-02789555] Understanding the origin of invasive populations of the pine processionary moth: a population genetic approach
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Carole Kerdelhue) 05 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02789555v1
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[hal-02623369] Isolation and characterization of 15 microsatellite markers for the highly invasive box tree moth Cydalima perspectalis (Lepidoptera: Crambidae)
In this study, we report the development of a set of 15 polymorphic microsatellite markers for the box tree moth, Cydalima perspectalis (Walker), a highly invasive insect in Europe causing significant damage to natural and ornamental Buxus trees. The markers were characterized for four distant populations in both its native (China, two populations) and invasive ranges (Czech Republic and Turkey, one population each). The number of alleles ranged from 2 to 12. No marker significantly deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium for all the populations sampled. These microsatellite markers are promising tools for further studies on the invasive pathways and dispersal pattern of the box tree moth in Europe.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Audrey Bras) 26 May 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02623369v1
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[hal-04132693] The worldwide invasion history of a pest ambrosia beetle inferred using population genomics
Xylosandrus crassiusculus, a fungus-farming wood borer native to Southeastern Asia, is the most rapidly spreading invasive ambrosia species worldwide. Previous studies focusing on its genetic structure suggested the existence of cryptic genetic variation in this species. Yet, these studies used different genetic markers, focused on different geographical areas, and did not include Europe. Our first goal was to determine the worldwide genetic structure of this species based on both mitochondrial and genomic markers. Our second goal was to study X. crassiusculus' invasion history on a global level and identify the origins of the invasion in Europe. We used a COI and RAD sequencing design to characterize 188 and 206 specimens worldwide, building the most comprehensive genetic dataset for any ambrosia beetle to date. The results were largely consistent between markers. Two differentiated genetic clusters were invasive, albeit in different regions of the world. The two markers were inconsistent only for a few specimens found exclusively in Japan. Mainland USA could have acted as a source for further expansion to Canada and Argentina through stepping-stone expansion and bridgehead events. We showed that Europe was only colonized by Cluster 2 through a complex invasion history including several arrivals from multiple origins in the native area, and possibly including bridgehead from the USA. Our results also suggested that Spain .
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (T. Urvois) 19 Jun 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04132693v1
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[hal-04171659] Contrasting invasion history in two ambrosia beetles of the Xylosandrus genus
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Teddy Urvois) 26 Jul 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04171659v1
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[hal-01690916] Preference-performance relationship and influence of plant relatedness on host use by Pityogenes chalcographus L.
1 Pityogenes chalcographus L. (Coleoptera: Scolytinae) causes damage in European coniferous forests, primarily on Picea abies L. Karst., but is also recorded on other native and exotic Pinaceae species. Estimating the adequacy between adult preference and larval performance of this beetle among its host-range, as well as the influence of plant taxonomic relatedness on these parameters, would provide useful information on the beetle’s ability to shift onto novel hosts. 2 Choice and no-choice assays were conducted under laboratory conditions. Adult preference and larval performance parameters among two native (Pinus sylvestris L. and Picea abies) and three exotic north American [Pinus contorta Dougl., Picea sitchensis (Bong.) Carr. and Pseudotsuga menziesii Mirbel (Franco)] conifer species were measured. 3 Pityogenes chalcographus exhibited a significant positive relationship between preference and performance. Picea abies was both the preferred and the most suitable host species for larval development. The closest relative, P. sitchensis, was the second best choice in terms of preference and performance. Pseudotsuga menziesii occupied an intermediate position for both beetle preference and performance, and Pinus spp. were the least suitable hosts for beetle development. 4 Adult preference and larval performance ranking among hosts provides little support to the plant taxonomic relatedness hypothesis. Taxonomic relatedness could play a role on the diet breadth, although only at a limited scale, within the genus Picea. At higher taxonomic levels, other factors such as bark thickness might be decisive.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Coralie Bertheau) 31 May 2020
https://hal.science/hal-01690916v1
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[hal-05525169] Benchmarking three DNA metabarcoding technologies for efficient detection of non-native cerambycid beetles in trapping collections
Individual sorting and identification of thousands of insects collected in mass trapping biosurveillance programmes is a labour-intensive and time-consuming process. Metabarcoding allows the simultaneous identification of multiple individuals in a single mixed sample and has the potential to expedite this process. However, detecting all the species present in a bulk sample can be challenging, especially when under-represented non-native specimens are intercepted. In this study, we quantified the effectiveness of DNA metabarcoding at detecting exotic species within six different mock communities of native and non-native species of European xylophagous cerambycid beetles. The main objective is to compare three different sequencing technologies (MinION, Illumina and IonTorrent) to evaluate which one is the most suitable in this context. Additionally, dry and wet (monopropylene glycol and water) collection methods were compared. Although not observing significant differences in the total number of species detected amongst the three sequencing technologies, the MinION detected a greater number of species in field-like samples. All three sequencing technologies achieved success in detecting and identifying closely-related species and species in low abundance. The capture method of insects in the field greatly influenced sample preservation and detection. Individuals captured in traps containing monopropylene and water had lower DNA concentration, leading to lower species detection rates compared to individuals killed using just an insecticide without any collection medium.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Loïs Veillat) 24 Feb 2026
https://hal.inrae.fr/hal-05525169v1
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[hal-05551275] Two new species of Caloptilia (Lepidoptera, Gracillariidae) from New Caledonia inducing galls on Glochidion billardierei (Phyllanthaceae) and redescription of C. xanthopharella (Meyrick, 1880)
New Caledonia is a biodiversity hotspot with high levels of micro-endemism, yet its gracillariid fauna remains poorly documented. Here, two new species of Caloptilia Hübner, 1825 (Gracillariidae) are described from Glochidion J.R.Forst. & G.Forst. (Phyllanthaceae) host plants in Parc des Grandes Fougères, New Caledonia: Caloptilia augeas Guiguet, Lopez-Vaamonde, van Nieukerken & Ohshima, sp. nov ., and Caloptilia ceryneia Guiguet, Lopez-Vaamonde, van Nieukerken & Ohshima, sp. nov . Both species induce leaf galls on Glochidion billardierei Baill., co-occurring on the same host species, sometimes even on the same leaf. They exhibit distinct wing patterns, but very similar male and female genitalia, and DNA barcoding supports their status as separate species. These findings provide evidence for potential within-host sympatric speciation, as documented in other gall-inducing insects. The larval biology of C. augeas and C. ceryneia reveals a unique frass disposal behaviour, whereby waste is excreted through a hole and the aperture is subsequently sealed—an adaptation not previously reported in gall-inducing Lepidoptera. Our findings double the known number of gall-inducing species in Gracillariidae, highlighting that this life history strategy may be more common than currently appreciated. We also provide new information on distribution and host plants of Caloptilia xanthopharella (Meyrick, 1880), a leaf roller found on the same host plant, G. billardierei . These findings mark the first records of the subfamily Gracillariinae in New Caledonia. This study underscores the underexplored diversity of New Caledonian gracillariids and emphasises the conservation value of Parc des Grandes Fougères. Further surveys in the Indo-Pacific region may reveal additional yet undescribed Caloptilia species associated with Phyllanthaceae and help clarify the evolutionary mechanisms underpinning their diversification.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Antoine Guiguet) 13 Mar 2026
https://hal.inrae.fr/hal-05551275v1
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[hal-05520816] An active ensemble classifier for detecting animal sequences from global camera trap data
Abstract Camera traps can generate huge amounts of images, and thus reliable methods for their automated processing are in high demand: in particular to find those images or image sequences that actually include animals. Automatically filtering out images that are empty or contain humans can be challenging, as images can be taken in different landscapes, habitats and light. Weather and seasonal conditions can vary greatly. Most of the images can be empty, because cameras using passive infrared sensors (PIR) trigger easily due to moving vegetation or rapidly varying shadows and sunny spots. Animals in images are often hiding behind vegetation, and camera traps will see them from previously unseen angles. Therefore, conventional animal image detection methods based on deep learning need huge training sets to achieve good accuracy. We present a novel background removal approach based on movement masked images computed using sequences of images. Our deep vision classifier uses these movement images for classification instead of the original images. Additionally, we apply a deep active learning (active learning for deep models) for collecting training samples to reduce the number of annotations required from the user. Our method performed well in singling out image sequences that actually include animals, thus filtering out the majority of images that were empty or contained humans. Most importantly, the method performed well also for backgrounds and animal species not seen in the training data. Active learning brought good separation between classes already with small training sets, without the need for laborious large‐scale pre‐annotation. We present a reliable and efficient method for filtering out empty image sequences and sequences containing humans. This greatly facilitates camera trapping research by enabling researchers to restrict the task of animal classification to only those image sequences that actually contain animals.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Tommi Mononen) 20 Feb 2026
https://hal.inrae.fr/hal-05520816v1
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[hal-02627472] Consistency of impact assessment protocols for non-native species
Standardized tools are needed to identify and prioritize the most harmful non-native species (NNS). A plethora of assessment protocols have been developed to evaluate the current and potential impacts of non-native species, but consistency among them has received limited attention. To estimate the consistency across impact assessment protocols, 89 specialists in biological invasions used 11 protocols to screen 57 NNS (2614 assessments). We tested if the consistency in the impact scoring across assessors, quantified as the coefficient of variation (CV), was dependent on the characteristics of the protocol, the taxonomic group and the expertise of the assessor. Mean CV across assessors was 40%, with a maximum of 223%. CV was lower for protocols with a low number of score levels, which demanded high levels of expertise, and when the assessors had greater expertise on the assessed species. The similarity among protocols with respect to the final scores was higher when the protocols considered the same impact types. We conclude that all protocols led to considerable inconsistency among assessors. In order to improve consistency, we highlight the importance of selecting assessors with high expertise, providing clear guidelines and adequate training but also deriving final decisions collaboratively by consensus.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Pablo Gonzalez-Moreno) 26 May 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02627472v1
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[hal-02806602] Monochamus Species As Potential Vectors Of The Pine Wood Nematode In Europe: What Can Be Learnt From The Asian Situation?
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Geraldine Roux-Morabito) 06 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02806602v1
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[hal-04175404] Worldwide diversity of endophytic fungi and insects associated with dormant tree twigs
Abstract International trade in plants and climate change are two of the main factors causing damaging tree pests (i.e. fungi and insects) to spread into new areas. To mitigate these risks, a large-scale assessment of tree-associated fungi and insects is needed. We present records of endophytic fungi and insects in twigs of 17 angiosperm and gymnosperm genera, from 51 locations in 32 countries worldwide. Endophytic fungi were characterized by high-throughput sequencing of 352 samples from 145 tree species in 28 countries. Insects were reared from 227 samples of 109 tree species in 18 countries and sorted into taxonomic orders and feeding guilds. Herbivorous insects were grouped into morphospecies and were identified using molecular and morphological approaches. This dataset reveals the diversity of tree-associated taxa, as it contains 12,721 fungal Amplicon Sequence Variants and 208 herbivorous insect morphospecies, sampled across broad geographic and climatic gradients and for many tree species. This dataset will facilitate applied and fundamental studies on the distribution of fungal endophytes and insects in trees.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Iva Franić) 02 Aug 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04175404v1
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[hal-02618221] Multi-scale and multi-site resampling of a study area in spatial genetics: implications for flying insect species
The use of multiple sampling areas in landscape genetic analysis has been recognized as a useful way of generalizing the patterns of environmental effects on organism gene flow. It reduces the variability in inference which can be substantially affected by the scale of the study area and its geographic location. However, empirical landscape genetic studies rarely consider multiple sampling areas due to the sampling effort required. In this study, we explored the effects of environmental features on the gene flow of a flying long-horned beetle (Monochamus galloprovincialis) using a landscape genetics approach. To account for the unknown scale of gene flow and the multiple local confounding effects of evolutionary history and landscape changes on inference, we developed a way of resampling study areas on multiple scales and in multiple locations (sliding windows) in a single large-scale sampling design. Landscape analyses were conducted in 3*104 study areas ranging in scale from 220 to 1,000 km and spread over 132 locations on the Iberian Peninsula. The resampling approach made it possible to identify the features affecting the gene flow of this species but also showed high variability in inference among the scales and the locations tested, independent of the variation in environmental features. This method provides an opportunity to explore the effects of environmental features on organism gene flow on the whole and reach conclusions about general landscape effects on their dispersal, while limiting the sampling effort to a reasonable level.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Julien Haran) 25 May 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02618221v1
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[hal-05070459] Complex population genetic structure of the bark beetle predator Thanasimus formicarius (L.) (Coleoptera: Cleridae) across its European range
Abstract Thanasimus formicarius (L.) (Coleoptera: Cleridae) is an important bark beetle predator and can reduce bark beetle population densities of some of the most severe forest pests in Europe. We analysed the population genetics and phylogeography of T. formicarius across its European range, using mitochondrial COI data from 187 individuals sampled from 23 locations. Our extensive sampling from the Fennoscandian to the Mediterranean region and from Iberia to the Middle East provides insights into the genetic structure of T. formicarius . We found a high genetic diversity, revealing 119 haplotypes across the sampling range. Two main clades, an Atlantic and a Continental, were identified, suggesting the presence of at least two glacial refugia during the last ice ages. An isolated population was discovered on the island of Corsica, suggesting that a limited number of individuals, probably from mainland France, may have colonized Corsica and a founder effect occurred. These findings increase our understanding of the recent evolutionary history of T. formicarius , which was shaped by Pleistocene events and certain species‐specific life‐history traits.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Eva Papek) 16 May 2025
https://hal.inrae.fr/hal-05070459v1
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[hal-04171563] Climate, host and geography shape insect and fungal communities of trees
Abstract Non-native pests, climate change, and their interactions are likely to alter relationships between trees and tree-associated organisms with consequences for forest health. To understand and predict such changes, factors structuring tree-associated communities need to be determined. Here, we analysed the data consisting of records of insects and fungi collected from dormant twigs from 155 tree species at 51 botanical gardens or arboreta in 32 countries. Generalized dissimilarity models revealed similar relative importance of studied climatic, host-related and geographic factors on differences in tree-associated communities. Mean annual temperature, phylogenetic distance between hosts and geographic distance between locations were the major drivers of dissimilarities. The increasing importance of high temperatures on differences in studied communities indicate that climate change could affect tree-associated organisms directly and indirectly through host range shifts. Insect and fungal communities were more similar between closely related vs. distant hosts suggesting that host range shifts may facilitate the emergence of new pests. Moreover, dissimilarities among tree-associated communities increased with geographic distance indicating that human-mediated transport may serve as a pathway of the introductions of new pests. The results of this study highlight the need to limit the establishment of tree pests and increase the resilience of forest ecosystems to changes in climate.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Iva Franić) 17 May 2024
https://hal.inrae.fr/hal-04171563v1
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[hal-01594930] Réponses et adaptations aux changements globaux : quels enjeux pour la recherche sur la biodiversité ? Prospective de recherche.
Réponses et adaptations aux changements globaux : quels enjeux pour la recherche sur la biodiversité ? Prospective de recherche.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Ophélie Ronce) 26 Sep 2017
https://hal.science/hal-01594930v1
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[hal-02625363] Promises and challenges in insect-plant interactions
There is tremendous diversity of interactions between plants and other species. These relationships range from antagonism to mutualism. Interactions of plants with members of their ecological community can lead to a profound metabolic reconfiguration of the plants’ physiology. This reconfiguration can favour beneficial organisms and deter antagonists like pathogens or herbivores. Determining the cellular and molecular dialogue between plants, microbes, and insects, and its ecological and evolutionary implications is important for understanding the options for each partner to adopt an adaptive response to its biotic environment. Moving forward, understanding how such ecological interactions are shaped by environmental change and how we potentially mitigate deleterious effects will be increasingly important. The development of integrative multidisciplinary approaches may provide new solutions to the major ecological and societal issues ahead of us. The rapid evolution of technology provides valuable tools and opens up novel ways to test hypotheses that were previously unanswerable, but requires that scientists master these tools, understand potential ethical problems flowing from their implementation, and train new generations of biologists with diverse technical skills. Here, we provide brief perspectives and discuss future promise and challenges for research on insect–plant interactions building on the 16th International Symposium on Insect–Plant interactions (SIP) meeting that was held in Tours, France (2–6 July 2017). Talks, posters, and discussions are distilled into key research areas in insect–plant interactions, highlighting the current state of the field and major challenges, and future directions for both applied and basic research.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (David Giron) 26 May 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02625363v1
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[hal-01578869] Analyse de risque phytosanitaire Ditylenchus dipsaci sur luzerne
Il est demandé à l’Anses de réaliser une ARP sur le nématode des tiges et bulbes (D.dipsaci) sur luzerne (M. sativa).L’ARP consiste à évaluer, selon des normes internationales1, 2 , les preuves biologiques etautres données scientifiques ou économiques pour déterminer si un organisme nuisibledoit être réglementé (ou déréglementé) et la nature des mesures phytosanitaireséventuelles à prendre à son égard. L’ARP s’attache à évaluer l'importance potentielle d'unorganisme nuisible particulier pour une zone clairement définie. Elle peut être initiée pourune ou plusieurs raisons, les plus fréquentes étant : l’identification d'une filière,l’identification d’un organisme nuisible, l’examen ou la révision d'une politique.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Philippe Castagnone-Sereno) 29 Aug 2017
https://hal.science/hal-01578869v1
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[hal-01577495] Evaluation de risque simplifiée pour Xyllela fastidiosa
En vue de possible échanges sur la présente thématique à un prochain Comité Permanent Phytosanitaire (CPP) à Bruxelles, il est demandé à l’Anses de réaliser une Evaluation du Risque Simplifiée (ERS) pour le 29/06/2012. Cette ERS devra faire notamment un bilan de la situation de Xylella fastidiosa dans le monde, détailler la biologie de la bactérie, son cycle de développement, les conditions météo et exigences climatiques nécessaires à son développement ou l’observation des symptômes, ses plantes hôtes, les moyens de contamination possibles, ainsi que les moyens de contamination possibles, ainsi que les moyens de lutte disponibles.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Charles Manceau) 25 Aug 2017
https://hal.science/hal-01577495v1
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[hal-01228847] Analyse de risque phytosanitaire [i]Plasmopara halstedii[/i] agent responsable de la maladie du mildiou du tournesol
absent
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Frederic Suffert) 13 Nov 2015
https://hal.science/hal-01228847v1
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[anses-05175671] Avis de l'Anses relatif à « la catégorisation de Cordylomera spinicornis »
L’Anses a été saisie le 27 janvier 2023 par la direction générale de l’alimentation du ministère de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire pour la réalisation de l’expertise suivante : Catégorisation de huit espèces d’insectes exotiques dont Cordylomera spinicornis. CONTEXTE ET OBJET DE LA SAISINE Dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés ou émergents (SORE), un dispositif de piégeage a été déployé par la DGAL en 2021 avec l’appui de l’INRAE et de l’ONF. L’objectif de ce dispositif est d’effectuer une surveillance passive dans les sites d’entrée ,potentiels (ports, aéroports, marché d’intérêt national (MIN)) des organismes réglementés ou émergents. Ce piégeage est qualifié de « large spectre » car il peut concerner plusieurs filières, de production suivies dans le cadre de la SORE (forêts, jardins et espaces verts et ,infrastructures (JEVI), arboriculture fruitière) en ciblant cependant majoritairement les insectes coléoptères des ligneux. Les principes de la surveillance mise en œuvre s’appuient sur les résultats précédemment acquis dans le cadre du projet PORTRAP, utilisant des pièges génériques multi-composés pour la détection précoce d’insectes exotiques xylophages dans les sites potentiels d’entrée sur le territoire national. Les pièges ont été disposés sur 13 sites (7 ports maritimes, 1 port fluvial, 4 aéroports et 1 marché national) dispersés sur le territoire (France continentale). Au total 9279 individus appartenant à 110 espèces différentes ont été capturés. Aucune espèce d’insecte de quarantaine prioritaire n’a été piégée. En revanche, la présence d’individus appartenant à 8 espèces de coléoptères exotiques, à priori non répandues sur notre territoire, des familles Cerambycidae et Curculionidae (sous-familles des Scolytinae et Platypodinae) a été relevée. Les 8 espèces d’insectes exotiques sont les suivantes : Cerambycidae : Cordylomera spinicornis (Fabricius, 1775), Trichoferus campestris (Faldermann, 1835), Xylotrechus chinensis (Chevrolat, 1852), Xylotrechus stebbingi Gahan, 1906 ; Curculionidae : Amasa sp. near truncata, Euplatypus hintzii (Schaufuss, 1897), Euplatypus parallelus (Fabricius, 1801), Xyleborus affinis Eichhoff, 1868. Ainsi, il est demandé la réalisation d’une catégorisation des 8 espèces d’insectes exotiques en utilisant les critères de risque listés ci-dessous, afin de déterminer leur nuisibilité et de prioriser sur cette base la réalisation d’analyses de risque portant sur ces insectes. Critères de risque a. Caractéristiques des espèces • Cycle biologique, • Plantes hôtes, • Symptômes, • Aires de distribution, • Nuisibilité dans ces aires de distribution, • Probabilité d’entrée et de transfert vers les plantes hôtes. b. Probabilité d’établissement • Présence d’hôtes appropriés, conditions climatiques et autres facteurs abiotiques favorables à l’établissement des 8 espèces d’insecte dans la zone ARP, • Identification d’ennemis naturels potentiels dans la zone ARP, et d’autres facteurs biotiques ainsi que les pratiques culturales pouvant contribuer à empêcher leur établissement, • Définition des zones d’établissement potentielles dans la zone ARP. c. Probabilité de dissémination • Moyens de dissémination (naturelle et assistée) dans la zone ARP, • Magnitude de la dissémination des 8 espèces d’insecte. d. Conséquences potentielles • Évaluation de l’impact économique en terme de production, associé aux 8 espèces d’insectes pour l’agriculture, la sylviculture et l’horticulture dans leur zone de répartition géographique actuelle et dans la zone ARP, • Évaluation de l’impact en JEVI dans la zone ARP. e. Conclusions des catégorisations des organismes nuisibles Dans cet avis, la catégorisation de Cordylomera spinicornis sera présentée
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Claude Gregoire) 22 Jul 2025
https://anses.hal.science/anses-05175671v1
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[hal-01209971] R-SYST network : a French consortium for barcoding and species identification
absent
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Agnes Bouchez) 06 Jun 2020
https://hal.science/hal-01209971v1
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[hal-01204276] R-Syst
R-SYST est un réseau national regroupant une douzaine d'équipes de recherche (de deux départements INRA : SPE et EFPA) impliquées dans la caractérisation moléculaire et morphologique d'organismes. Ces équipes sont composées de techniciens, chercheurs et ingénieurs dans les domaines de la biologie moléculaire, génétique et bioinformatique. Ils gèrent des bases de données et conçoivent et mettent à disposition des outils d'analyses de ces données taxonomiques.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Pierre Abad) 23 Sep 2015
https://hal.science/hal-01204276v1
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[anses-04608634] Avis de l'Anses relatif à « la catégorisation de Euplatypus hintzi »
Dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés ou émergents (SORE), un dispositif de piégeage a été déployé par la DGAL1 en 2021 avec l’appui de l’INRAE et de l’ONF2. L’objectif de ce dispositif est d’effectuer une surveillance passive dans les sites d’entrée potentiels (ports, aéroports, marché d’intérêt national (MIN)) des organismes réglementés ou émergents (SORE). Ce piégeage est qualifié de « large spectre » car il peut concerner plusieurs filières de production suivies dans le cadre de la SORE (forêts, jardins et espaces verts et infrastructures (JEVI), arboriculture fruitière) en ciblant cependant majoritairement les insectes coléoptères ravageurs des ligneux. Les principes de la surveillance mise en œuvre s’appuient sur les résultats précédemment acquis dans le cadre du projet PORTRAP, utilisant des pièges génériques multi-composés pour la détection précoce d’insectes exotiques xylophages dans les sites potentiels d’entrée sur le territoire national. Les pièges ont été disposés sur 13 sites (7 ports maritimes, 1 port fluvial, 4 aéroports et 1 marché national) dispersés sur le territoire (France métropolitaine continentale). Au total 9279 individus appartenant à 110 espèces différentes ont été capturés. Aucune espèce d’insecte de quarantaine prioritaire n’a été piégée. En revanche, la présence d’individus appartenant à 8 espèces de coléoptères exotiques, a priori non présents sur notre territoire, des familles Cerambycidae et Curculionidae (sous-familles des Scolytinae et Platypodinae) a été relevée. Les 8 espèces d’insectes exotiques sont les suivantes : - Cerambycidae : Cordylomera spinicornis (Fabricius, 1775), Trichoferus campestris (Faldermann, 1835), Xylotrechus chinensis (Chevrolat, 1852), Xylotrechus stebbingi Gahan, 1906 ; - Curculionidae : Amasa sp. near truncata, Euplatypus hintzii (Schaufuss, 1897), Euplatypus parallelus (Fabricius, 1801), Xyleborus affinis Eichhoff, 1868.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Claude Gregoire) 11 Jun 2024
https://anses.hal.science/anses-04608634v1
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[anses-04855184] Avis de L'Anses relatif à « la catégorisation de Trichoferus campestris »
Dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés ou émergents (SORE), un dispositif de piégeage a été déployé par la DGAL en 2021 avec l’appui de l’INRAE et de l’ONF. L’objectif de ce dispositif est d’effectuer une surveillance passive dans les sites d’entrée potentiels (ports, aéroports, marché d’intérêt national (MIN) des organismes réglementés ou émergents. Ce piégeage est qualifié de « large spectre » car il peut concerner plusieurs filières de production suivies dans le cadre de la SORE (forêts, jardins et espaces verts et infrastructures (JEVI), arboriculture fruitière) en ciblant cependant majoritairement les insectes coléoptères des ligneux. Les principes de la surveillance mise en œuvre s’appuient sur les résultats précédemment acquis dans le cadre du projet PORTRAP, utilisant des pièges génériques multi-composés pour la détection précoce d’insectes exotiques xylophages dans les sites potentiels d’entrée sur le territoire national. Les pièges ont été disposés sur 13 sites (7 ports maritimes, 1 port fluvial, 4 aéroports et 1 marché national) dispersés sur le territoire (France continentale). Au total 9279 individus appartenant à 110 espèces différentes ont été capturés. Aucune espèce d’insecte de quarantaine prioritaire n’a été piégée. En revanche, la présence d’individus appartenant à 8 espèces de coléoptères exotiques, a priori non répandues sur notre territoire, des familles Cerambycidae et Curculionidae (sous-familles des Scolytinae et Platypodinae) a été relevée. Les 8 espèces d’insectes exotiques sont les suivantes : Cerambycidae : Cordylomera spinicornis (Fabricius, 1775), Trichoferus campestris (Faldermann, 1835), Xylotrechus chinensis (Chevrolat, 1852), Xylotrechus stebbingi Gahan, 1906 ; Curculionidae : Amasa sp. near truncata, Euplatypus hintzii (Schaufuss, 1897), Euplatypus parallelus (Fabricius, 1801), Xyleborus affinis Eichhoff, 1868. Ainsi, il est demandé la réalisation d’une catégorisation des 8 espèces d’insectes exotiques en utilisant les critères de risque listés ci-dessous, afin de déterminer leur nuisibilité et de prioriser sur cette base la réalisation d’analyses de risque portant sur ces insectes. Critères de risque a. Caractéristiques des espèces - Cycle biologique, - Plantes hôtes, - Symptômes, - Aires de distribution, - Nuisibilité dans ces aires de distribution, - Probabilité d’entrée et de transfert vers les plantes hôtes. b. Probabilité d’établissement - Présence d’hôtes appropriés, conditions climatiques et autres facteurs abiotiques favorables à l’établissement des 8 espèces d’insecte dans la zone ARP, - Identification d’ennemis naturels potentiels dans la zone ARP, et d’autres facteurs biotiques ainsi que les pratiques culturales pouvant contribuer à empêcher leur établissement, - Définition des zones d’établissement potentielles dans la zone ARP. c. Probabilité de dissémination - Moyens de dissémination (naturelle et assistée) dans la zone ARP, - Magnitude de la dissémination des 8 espèces d’insecte. d. Conséquences potentielles - Évaluation de l’impact économique en terme de production, associé aux 8 espèces d’insectes pour l’agriculture, la sylviculture et l’horticulture dans leur zone de répartition géographique actuelle et dans la zone ARP, - Évaluation de l’impact en JEVI dans la zone ARP. e. Conclusions des catégorisations des organismes nuisibles Dans cet avis, la catégorisation de Trichoferus campestris est présentée.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Claude Gregoire) 24 Dec 2024
https://anses.hal.science/anses-04855184v1
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[hal-01577510] Evaluation de risque simplifiée pour les Lethal yellowing type syndromes (LYTS)
La Direction Générale de l’Alimentation du ministère en charge de l’agriculture a saisi l’Anses en vue de la réalisation d’une évaluation du risque simplifiée (ERS) des LYTS. Ce travail a pour but notamment d’évaluer le risque d’introduction et l’impact économique des LYTS dans la zone ARP. La zone ARP à considérer comprend la Martinique, la Guadeloupe, la Guyane, la Réunion et Mayotte.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Michel Dollet) 25 Aug 2017
https://hal.science/hal-01577510v1
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[anses-04718536] Avis de l'Anses relatif à « la catégorisation de Amasa parviseta »
Dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés ou émergents (SORE), un dispositif de piégeage a été déployé par la DGAL en 2021 avec l’appui de l’INRAE et de l’ONF. L’objectif de ce dispositif est d’effectuer une surveillance passive dans les sites d’entrée potentiels (ports, aéroports, marché d’intérêt national (MIN)) des organismes réglementés ou émergents (SORE). Ce piégeage est qualifié de « large spectre » car il peut concerner plusieurs filières de production suivies dans le cadre de la SORE (forêts, jardins et espaces verts et infrastructures (JEVI), arboriculture fruitière) en ciblant cependant majoritairement les insectes coléoptères des ligneux. Les principes de la surveillance mise en œuvre s’appuient sur les résultats précédemment acquis dans le cadre du projet PORTRAP, utilisant des pièges génériques multi-composés pour la détection précoce d’insectes exotiques xylophages dans les sites potentiels d’entrée sur le territoire national. Les pièges ont été disposés sur 13 sites (7 ports maritimes, 1 port fluvial, 4 aéroports et 1 marché national) dispersés sur le territoire (France métropolitaine continentale). Au total 9279 individus appartenant à 110 espèces différentes ont été capturés. Aucune espèce d’insecte de quarantaine prioritaire n’a été piégée. En revanche, la présence d’individus appartenant à 8 espèces de coléoptères exotiques, a priori non présents sur notre territoire, des familles Cerambycidae et Curculionidae (sous-familles des Scolytinae et Platypodinae) a été relevée. Les 8 espèces d’insectes exotiques sont les suivantes : - Cerambycidae : Cordylomera spinicornis (Fabricius, 1775), Trichoferus campestris (Faldermann, 1835), Xylotrechus chinensis (Chevrolat, 1852), Xylotrechus stebbingi Gahan, 1906 ; - Curculionidae : Amasa sp. near truncata, Euplatypus hintzii (Schaufuss, 1897), Euplatypus parallelus (Fabricius, 1801), Xyleborus affinis Eichhoff, 1868.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Claude Gregoire) 02 Oct 2024
https://anses.hal.science/anses-04718536v1
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[anses-04616086] Avis de l'Anses relatif à « l’avenant à la saisine de catégorisation de 8 espèces d’insectes exotiques incluant Xylotrechus chinensis »
Xylotrechus chinensis (XYLOCH) est un insecte longicorne originaire de la région paléarctique orientale (Chine, Corée du Nord, Corée du Sud, Japon et Taïwan) dont la présence a été signalée pour la première fois sur le territoire de l’Union européenne (UE) en Espagne (depuis 2013 en Catalogne, 2018 à Valence), en Grèce (depuis 2017 en Crète, 2019 à Athènes), en France (depuis 2017 en Occitanie, 2018 en Nouvelle-Aquitaine) et en Italie (depuis 2023 en Lombardie) où il cause des dégâts sur mûrier platane (Morus bombycis). Selon les données scientifiques fournies précédemment par l’Anses et dans un avis de l’EFSA publié en 2021 , cet organisme nuisible se développe préférentiellement dans les arbres de la famille des Moraceae (Morus alba, M. bombycis et M. australis). X. chinensis est inscrit depuis 2018 sur la liste d'alerte de l'OEPP . Dans son avis de 2021, l’EFSA indique que cet organisme remplit les critères pour être catégorisé comme organisme de quarantaine de l'Union européenne (UE) sans prendre en compte les éventuelles sous-espèces et en précisant comme autre source d'incertitude la réelle étendue de sa présence sur le territoire européen. Sur le territoire français X. chinensis a été classé temporairement comme organisme réglementé en 2022. Des actions de surveillance ont été conduites pour tenter de délimiter le périmètre des foyers observés et d’identifier les potentiels impacts. Des échanges ont eu lieu ultérieurement au niveau de l’UE concernant la possibilité de réglementer cet organisme sur le territoire de l’Union ; cette option n’a pas été retenue à ce stade compte tenu notamment des capacités de dispersion rapide de l’organisme nuisible et de son impact économique qui semble limité aux plantes du genre Morus. En France, la surveillance a mis en évidence des attaques sévères sur certains individus du genre Morus. Elle a également montré que les foyers concernent des surfaces importantes dans les régions de Sète et de Bordeaux; leur éradication ne semble pas réalisable d’autant qu’ils se situent dans des espaces urbanisés, ce qui complexifie la mise en œuvre de mesures de gestion. Pour autant, la mise en œuvre de mesures de lutte dans le but de maintenir un niveau de population le plus bas possible pour limiter les impacts et la propagation de l’organisme nuisible pourrait avoir du sens dans certains contextes compte tenu des éléments suivants : - les mûriers sont des arbres d’ornement dont la présence est relativement importante en particulier dans le sud de la France et certains de ces mûriers ont une valeur patrimoniale ; les foyers ont une surface encore limitée par rapport à l’aire de répartition des mûriers en France ; la gestion des arbres infestés peut représenter un enjeu de sécurité pour les municipalités ; même si jusqu’à présent, l’organisme n’a été identifié que sur mûrier dans l’UE, il n’est pas possible d’exclure à ce jour qu’il puisse s’attaquer à des espèces d’intérêt agronomique (des échanges sont en cours avec l’INRAE à ce sujet dans le but d’essayer de lever certaines incertitudes). (extrait)
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Claude Gregoire) 18 Jun 2024
https://anses.hal.science/anses-04616086v1
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[anses-04353534] Avis de l'Anses relatif à « la catégorisation de Xylotrechus chinensis »
Dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés ou émergents (SORE), un dispositif de piégeage a été déployé par la DGAL en 2021 avec l’appui de l’INRAE et de l’ONF. L’objectif de ce dispositif est d’effectuer une surveillance passive dans les sites d’entrée potentiels (ports, aéroports, marchés d’intérêt national (MIN) des organismes réglementés ou émergents (SORE). Ce piégeage est qualifié de « large spectre » car il peut concerner plusieurs filières de production suivies dans le cadre de la SORE (forêts, jardins et espaces verts et infrastructures (JEVI), arboriculture fruitière) en ciblant cependant majoritairement les insectes coléoptères des ligneux. Les principes de la surveillance mise en œuvre s’appuient sur les résultats précédemment acquis dans le cadre du projet PORTRAP, utilisant des pièges génériques multi-composés pour la détection précoce d’insectes exotiques xylophages dans les sites potentiels d’entrée sur le territoire national. Les pièges ont été disposés sur 13 sites (7 ports maritimes, 1 port fluvial, 4 aéroports et 1 marché national) dispersés sur le territoire (France continentale). Au total 9279 individus appartenant à 110 espèces différentes ont été capturés. Aucune espèce d’insecte de quarantaine prioritaire n’a été piégée. En revanche, la présence d’individus appartenant à 8 espèces de coléoptères exotiques, a priori non répandues sur notre territoire, des familles Cerambycidae et Curculionidae (sous-familles des Scolytinae et Platypodinae) a été relevée. Les 8 espèces d’insectes exotiques sont les suivantes : Cerambycidae : Cordylomera spinicornis (Fabricius, 1775), Trichoferus campestris (Faldermann, 1835), Xylotrechus chinensis (Chevrolat, 1852), Xylotrechus stebbingi (Gahan, 1906) ; Curculionidae : Amasa sp. near truncata, Euplatypus hintzii (Schaufuss, 1897), Euplatypus parallelus (Fabricius, 1801), Xyleborus affinis Eichhoff, 1868. Ainsi, il est demandé la réalisation d’une catégorisation des 8 espèces d’insectes exotiques en utilisant les critères de risque listés ci-dessous, afin de déterminer leur nuisibilité et de prioriser sur cette base la réalisation d’analyses de risque portant sur ces insectes.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Jean-Claude Grégoire) 19 Dec 2023
https://anses.hal.science/anses-04353534v1
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[hal-01578870] Méthodes de lutte alternatives à l'épandage aérien de produits phytosanitaires contre les processionnaires du pin et du chêne en conditions urbaines
Contexte : Les chenilles processionnaires sont des insectes défoliateurs que l’on rencontre dans les populations de pins et de chênes et sont les formes larvaires de deux types de lépidoptères : Thaumetopoea pityocampa pour la processionnaire du pin et Thaumetopoea processionea pour la processionnaire du chêne. Leurs pullulations périodiques sont connues dans différentes régions, essentiellement le pourtour méditerranéen et la façade atlantique jusqu’au Pyrénées-Orientales pour la processionnaire du pin, et les régions d’Alsace, de Bourgogne, d’Ile-de-France, du Centre, de Poitou-Charentes et de Midi-Pyrénées pour la processionnaire du chêne. Les chenilles processionnaires de pin et du chêne sont responsables d’une dermite (appelée érucisme) en lien avec les poils urticants et allergisants qui recouvrent leur corps. A l’automne 2011, les professionnels de la forêt privée ont déposé auprès de l’Agence régionale de la santé (ARS) d’Aquitaine des dossiers de demande de traitements par voie aérienne des chenilles processionnaire du pin pour des motifs de protection de la santé publique. Ces demandes concernaient essentiellement des zones urbanisées. L’arrêté du 31 mai 2011 relatif aux conditions d’épandage des produits mentionnés à l’article L. 253-1 de code rural de la pêche maritime par voie aérienne prévoit cependant le respect d’une distance minimale de sécurité de 50 mètres vis-à-vis des habitations et jardins. Les traitements, qui doivent être mis en oeuvre à l’automne, n’ont donc pas été effectués en Aquitaine par voie aérienne en 2011. Dans ces conditions se pose la question des solutions alternatives qui seraient à mettre en oeuvre à l’avenir pour lutter contre les chenilles processionnaires du pin et du chêne dans les zones urbanisées, tant en Aquitaine que dans les autres régions concernées.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Robert Delorme) 29 Aug 2017
https://hal.science/hal-01578870v1
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[hal-02487614] Effet bénéfique des régimes thermiques fluctuants sur la survie au froid des insectes : exploration des mécanismes sous-jacents
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Hervé Colinet) 21 Feb 2020
https://univ-rennes.hal.science/hal-02487614v1
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[hal-04186404] Mécatronique et deep learning au service de l’automatisation des suivis de biodiversité en forêt
[...]
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Christophe Bouget) 23 Aug 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04186404v1
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[hal-04186438] Bioc@pt : Capteurs automatiques de biodiversité en forêt
[...]
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Christophe Bouget) 23 Aug 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04186438v1
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[hal-05585664] How to eradicate an invasive forest pest without clear‐cutting
Abstract The pine wood nematode (PWN), Bursaphelenchus xylophilus , is an invasive species causing high pine mortality in invaded areas outside its native range. European Union (EU) regulations stipulate a 500‐m radius clear‐cutting around infested trees to prevent the spread of PWN by the vector beetle Monochamus galloprovincialis , yet this measure is costly and not fully effective. We used an individual‐based model describing the dispersal of the insect vector and its transmission of PWN to compare the cost‐effectiveness of clear‐cutting and selective cutting of only the PWN‐infested trees for three different methods for surveillance: visual ground surveys, aerial surveys and insect trap networks. Both strategies eradicated PWN if intensive aerial surveillance was conducted at a time that all infested trees showed symptoms. Selective cutting reduced costs by up to a factor of 200 compared to clear‐cutting, mainly due to the preservation of healthy trees. Additionally, selective cutting reduces environmental and societal costs. However, eradication is unlikely if symptom expression of infectious trees is incomplete at the time of survey. Policy implications. The results show that selective cutting applied together with modern remote sensing surveillance methods is an environmentally friendly alternative to the mandatory clear‐cutting for PWN control in the EU.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Hongyu Sun) 09 Apr 2026
https://hal.inrae.fr/hal-05585664v1
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[tel-05371081] Comparative approach to invasiveness in congeneric bark beetles : the case of the Hylurgini group
Bark beetles (Coleoptera: Curculionidae : Scolytinae) include several invasive species that cause significant ecological and economic damage. This thesis investigates the traits associated with invasion success in congeneric bark beetles of the Hylurgini tribe by comparing three species pairs, each consisting of one invasive and one non-invasive species. Chapter 1 reviews life-history traits and shows that invasive species often exhibit a broader host range, greater ecological plasticity, and a history of multiple introductions. However, invasion success depends on a complex interaction between intrinsic species traits and external environmental and anthropogenic factors. Chapter 2 presents the complete mitochondrial genomes of seven Hylurgini species and reconstructs their phylogeny based on 13 protein-coding genes. These data clarify evolutionary relationships within the group and facilitate molecular identification and phylogeographic studies. Chapter 3 compares two species of the genus Hylurgus, namely invasive H. ligniperda and non-invasive H. micklitzi, which coexist in various regions of Europe. The study reveals substantial genetic diversity in H. ligniperda, along with phylogeographic population structuring likely shaped by multiple postglacial refugia, whereas H. micklitzi shows lower diversity and weaker structure. This thesis highlights the importance of comparative and integrative approaches to better understand biological invasions and to strengthen forest biosecurity strategies.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Yuan Yuan) 18 Nov 2025
https://theses.hal.science/tel-05371081v1
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[tel-04622319] Approches génomiques pour la biodétection d'insectes invasifs forestiers
Les invasions biologiques, en particulier celles d'insectes xylophages comme les Cérambycides, sont en constante augmentation, principalement en raison du changement climatique et de l'intensification des échanges commerciaux. Ces insectes, transportés principalement par le commerce international du bois, s'établissent dans de nouveaux écosystèmes dans lesquels ils n'ont pas forcément d'ennemis naturels. Une fois établis, ils peuvent causer des dégâts considérables aux forêts et aux zones urbanisées, menaçant ainsi la biodiversité, l'économie et la santé des écosystèmes. Ces invasions nécessitent donc une surveillance et une gestion rigoureuses pour prévenir et atténuer leurs impacts dévastateurs.Dans ce contexte, cette thèse a pour objectifs principaux : (i) évaluer l'efficacité du métabarcoding, une méthode permettant d'identifier simultanément et rapidement plusieurs espèces d'insectes collectées dans un même piège, en utilisant le séquenceur MinION d'Oxford Nanopore®. Ce séquenceur présente l'avantage d'être portatif et peu couteux, le rendant ainsi plus accessible que les technologies concurrentes. (ii) Créer une librairie de référence de codes-barres moléculaires pour les Cerambycides européens afin de fournir à la communauté scientifique une base de données pour effectuer des analyses fiables d'identification basées sur l'ADN. (iii) Étudier la structure génétique des populations invasives d'une espèce exotique introduit dans le bassin méditerranéen (Xylotrechus stebbingi) afin de mieux comprendre sa dynamique d'invasion de cet insecte originaire d'Asie.Concernant le premier objectif de cette thèse, nos résultats ont montré que le séquenceur MinION d'Oxford Nanopore® était performant pour la détection et l'identification rapide d'espèces invasives, par comparaison aux technologies de séquençage Illumina® et IonTorrent. Nos résultats montrent également que la méthode de piégeage et de préservation des échantillons dans les pièges est un prérequis essentiel qui conditionne la détection fiable des espèces présentes dans les échantillons. En ce qui concerne le deuxième chapitre, nous avons pu assembler 2928 séquences de codes-barres ADN pour 147 espèces de cérambycidés, soit plus de 79% des 185 espèces capturées en Europe à l'aide de pièges multi-phéromonaux. Cette nouvelle base de données pourrait être utilisée pour identifier avec précision le contenu des pièges multi-phéromonaux déployés en Europe lors d'analyses de codes-barres ou de métabarcodes. Enfin, dans le troisième chapitre de cette thèse, nous avons mis en évidence que l'invasion du xylophage Xylotrechus stebbingi dans le bassin méditerranéen résultait d'une série d'introductions multiples, probablement en lien avec les échanges commerciaux maritimes plutôt qu'à une unique introduction qui se serait propagée au fil du temps. Ces résultats impliquent que cette espèce, hautement polyphage et à fort potentiel invasif, risque d'envahir de nouvelles régions du monde (en dehors du bassin méditerranéen) dans les prochaines années via le transport maritime. Par conséquent, il est nécessaire de rester vigilant dans les zones portuaires afin de limiter au maximum la propagation de cet insecte.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Loïs Veillat) 24 Jun 2024
https://theses.hal.science/tel-04622319v1
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[tel-04368466] Structure génétique et modélisation de la distribution des populations de deux espèces invasives de Xylosandrus (Scolytinae - Xyleborini) : deux espèces proches aux histoires d’invasion différentes
Xylosandrus compactus et X. crassiusculus sont deux scolytes originaires d’Asie du Sud-Est et invasifs sur plusieurs continents, dont la biologie et l’écologie atypiques favorisent l’invasion. Une approche pluridisciplinaire a été utilisée au cours de cette thèse afin (i) d’identifier l’origine des populations invasives et leurs routes d’invasion, et (ii) de déterminer les zones dans lesquelles elles pourraient s'étendre et s’établir. Les routes d’invasion ont été retracées à l’aide d’un marqueur mitochondrial et de marqueurs génomiques, et les zones favorables à l’établissement de chaque espèce ont été déterminées à l’aide de modèles de distribution d’espèces (SDM). Malgré leur proximité écologique et phylogénétique, les deux espèces ont une histoire d’invasion différente. Deux lignées ont été identifiées chez X. compactus, l’une originaire d’Inde ou du Vietnam ayant envahi l’Afrique et l’autre originaire de la région de Shanghai et ayant envahi indépendamment les Amériques et les îles du Pacifique, puis l’Europe. X. crassiusculus est composé de deux clusters très divergents, majoritairement allopatriques et possédant des niches écologiques différentes. Le cluster 1 a envahi indépendamment les îles du Pacifique et l’Afrique. Le cluster 2 est responsable de l’invasion en Amérique, en Europe, en Afrique et en Océanie, avec plusieurs invasions indépendantes de multiples origines (dont des événements dits "tête de pont") suivies de dispersion intra-continentale. Les SDM ont montré pour les deux espèces l’existence de zones favorables où elles ne sont pas encore présentes et qui sont donc susceptibles d’être envahies secondairement. Nous anticipons également un impact du changement climatique sur leurs potentielles distributions futures. A l'inverse, l'évolution récente du climat n'est pas responsable de l'invasion récente de l'Europe, ce continent étant favorable depuis plusieurs décennies.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Teddy Urvois) 01 Jan 2024
https://theses.hal.science/tel-04368466v1
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[tel-03893426] Modélisation de la phénologie d'une espèce emblématique du changement climatique : la processionnaire du pin
Face au changement climatique, des modifications de la distribution et de la phénologie des espèces ont été observées. La processionnaire du pin (PP) (Thaumetopoea pityocampa) est considérée comme un modèle d’étude pour comprendre l’effet du réchauffement climatique sur la distribution des espèces car sa distribution s’étend en réponse à l’augmentation des températures hivernales. La PP est un ravageur forestier à impact économique et sanitaire. L’apparition de processions précoces atypiques dans certaines régions a été observée ces dernières années. Cependant, les conséquences du changement climatique sur sa phénologie restent encore peu connues. Une meilleure compréhension des variations spatiales et temporelles de la phénologie est cruciale, non seulement pour mieux comprendre l’effet du changement climatique sur la PP, mais aussi pour optimiser les méthodes de lutte et prévenir des risques d’urtication étant donné qu’il est nécessaire pour cela de savoir quand les différents stades larvaires sont présents. Afin de tester l’hypothèse d’une variation de la phénologie dans le temps (du fait du changement climatique) et dans l’espace (du fait des différents types de climats rencontrés en France), des suivis de la période de vol, du développement larvaire et de la période de procession ont été réalisés de 2018 à 2021 dans plusieurs régions biogéographiques en France. Ces données ont été comparées aux données historiques datant des années 1970-1980. Un potentiel étalement du vol et peu de variation dans la période de procession ont été mis en évidence. La phénologie de l’espèce varie dans l’espace en fonction des températures de l’été, de la date des premiers gels et de la rigueur de l’hiver. Afin d’identifier les mécanismes responsables de ces variabilités phénologiques, un modèle mathématique a été développé pour prédire les stades phénologiques de l’œuf jusqu’au dernier stade larvaire. Celui-ci a été calibré sur les courbes de performances thermiques des différents stades de la PP, obtenues en conditions contrôlées, à partir de la population d’Orléans. Les valeurs des paramètres de ces courbes étaient effectivement différentes selon les stades. Le modèle a ensuite été validé de manière indépendante grâce aux données de suivis réalisés à Orléans durant l’étude. L’augmentation de la température globale et/ou des vagues de chaleur en automne expliqueraient l’occurrence de processions précoces. Face au changement climatique, ces processions devraient donc être plus fréquentes. Le modèle a ensuite été testé sur cinq autres populations suivies durant cette étude, situées dans des régions climatiques différentes. Celui-ci rend bien compte de la variabilité spatiale de la phénologie observée. Le modèle phénologique prend comme variable la température de l’air. Or, les larves se trouvent dans un nid de soie. Dans le but de déterminer et simuler le microclimat associé au nid, un modèle biophysique a été développé. Le nid confère un microclimat chaud pouvant impacter le développement et potentiellement la survie des larves. En mesurant la tolérance thermique des différents stades larvaires,différents seuils thermiques ont été identifiés. Les résultats obtenus dans cette thèse montrent qu’il est important de considérer les contraintes de développement et de survie de chaque stade afin de prédire correctement l’effet des conditions climatiques sur la phénologie et la survie de la PP. Ils montrent aussi clairement que les changements de phénologie de la PP sont en lien avec le changement climatique. Ainsi la PP pourrait être un modèle d’étude pour comprendre l’effet du changement climatique sur la distribution et la phénologie des espèces, deux composantes étroitement liées.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Laura Poitou) 11 Dec 2022
https://theses.hal.science/tel-03893426v1
